É missão do ACS contribuir para a política externa portuguesa de Cooperação na ajuda pública ao desenvolvimento, através de intervenções na área da Saúde orientadas pelos princípios inscritos no documento Uma Visão Estratégica para a Cooperação Portuguesa (Resolução de Conselho de Ministros n.º 196/2005).
As actividades na área da Cooperação devem ser desenvolvidas de forma bilateral, com cada um dos países africanos, e multilateral, com a Organização Mundial de Saúde-África (OMS-África) e a Comunidade de Países de Língua Portuguesa (CPLP).
A Cooperação bilateral tem como objectivo a consolidação e reforço das relações com os países Africanos de Língua Oficial Portuguesa (PALOP), com vista ao desenvolvimento, progresso e consolidação dos recursos existentes naqueles países, através da formação, investigação, assistência técnica, prestação de serviços e dotação de infra-estruturas e equipamentos.
As acções a desenvolver no âmbito da cooperação bilateral serão executadas através de programas estratégicos sectoriais específicos para cada país receptor.
Na área da cooperação multilateral, é prioritário dar cumprimento ao acordo assinado em 2007 entre a OMS-África e o Ministério da Saúde português, bem como reforçar a articulação e intervenção no âmbito da CPLP.






